Базовый пример реализации Java Native Interface
Это самая верхушка айсберга, но начинать с чего то надо

Давно написал примерчик с применением Swing, забыл выложить
Можете сравнить чем отличается SWT от Swing
Это приложение 100% будет работать под любой ОС имеющей GUI и JAVA (ну и MySql конечно с родным драйвером JDBC)

Покажу как с помощью Java и специальной технологии можно обращаться практически к любым СУБД.

Как сделать так, чтобы наши классы находились в одном файле и он мог запускаться?
Не-е-ет, мы не будем делать из него EXE файл.
Всё гораздо проще. (ну может не совсем)

Ещё один простенький способ, прибегнем к помощи ОС Windows.

Доводим до ума наши начальные проги.
Компилируем и запускаем, также заставляем их выводить кириллицу на нашу консольку.

Среда разработки - NetBeans (хотя это не особо важно).
Небольшая консольная программа.
Применяется отлавливание исключений, но возможны ошибки.
Основы ООП ждут вас внутри.

Начальный уровень, попробовать.
Не стал делать вывод просто строки в консоль, а рассмотрел принимаемые аргументы командной строки.